Sorry, ich denke das war unsinn, laut der Flatpak-Dokumentation ist --user nicht sicherer, sondern installiert die apps nur für den eigenen Benutzer. Ohne --user arbeitet Flatpak standardmäßig systemweit und andere Benutzer können die App dann ebenfalls nutzen. Macht kaum sinn?
PS: die eigendliche Frage für mich war, ob ich es mit --user sicherer machen kann, es begrenzt zumind. Auswirkungen auf das eigene Benutzerkonto
PS2:
Falls es jemanden interessiert, wie ich auf die „dumme“ Idee mit sudo und --user gekommen bin: Man lernt nie aus 
Ich habe mir das Thema noch einmal genauer angesehen. Da ich unter anderem auf einigen PCs Linux Mint nutze, bin ich vor längerer Zeit auf die Ubuntuusers-Seite gestoßen.
Dort steht (Stand 18. Oktober 2025) weiterhin als Beispiel eine Installation mit sudo. Für die Installation auf Benutzerebene --user wird dagegen sudo weggelassen und soll den Vorteil haben, dass keine erhöhten Rechte notwendig sind.
Entweder verhält sich Flatpak unter Ubuntu tatsächlich anders, oder die Beschreibung ist nicht korrekt.